材料遗失，如成绩单遗失、港澳通行证遗失、学位证书遗失等。
通行证不全，若通行证不全，则需要提供有关部门开具的学习证明。
签注不被受理，目前香港可以受理学习签注和工作签注，澳门则只受理学习签注

合作项目未备案，目前内地也有许多大学与港澳台地区的大学联合举办一些合作项目，而未在教育部备案的项目，依然很难通过认证。
签证时间不足，这种情况澳门地区比较常见，因澳门紧挨珠海，很多留学生可能会选择住在珠海，只有上学的时候，才到澳门，从而造成其签证的时间不足。